王保保因功被拜为“银青荣禄大夫、太尉、中书平章政事、知枢密院事、皇太子詹事，仍便宜行事，袭总其父兵”。
随后中原平定，王保保驻兵于汴梁、洛阳一带，元廷倚赖他为安全屏障。
王保保在平定中原以后，没有利用朱元璋、陈友谅等人在江南大战的机会麾兵南指，彻底歼灭起义军，反而不遗余力地参与元朝内部党争。
当时元朝所依靠的地主武装有两支，分别是察罕帖木儿、王保保父子与答失八都鲁、孛罗帖木儿父子，但两军渐生龃龉，自至正二十、二十一年（1360、1361年）以来就互相攻伐于山西一带，抢夺地盘。
王保保子承父业，也继承了与孛罗帖木儿的矛盾，他们“各拥强兵于外，以权势相轧，衅隙遂成” ，元顺帝虽然屡次下旨劝他们和解，但反而“仇隙日深”。
经过多次军阀混战，到至正二十三年（1363年）十月时，王保保的势力已占孛罗帖木儿的上风。
其后应朝廷调停，两军罢兵，各守其地。
王保保和孛罗帖木儿的斗争还牵涉到朝中元顺帝和皇太子爱猷识理达腊的争端。
当时元顺帝比较偏向孛罗帖木儿，曾“有旨以冀宁（今山西太原）畀孛罗帖木儿” ；而王保保则勾结皇太子，在察罕帖木儿遇刺的前一年四月，就利用赴京贡粮的机会与皇太子缔结密约。
至正二十三年（1363年），皇太子一党诬陷顺帝母舅老的沙等人，老的沙逃入大同的孛罗帖木儿营中。
元顺帝密令孛罗帖木儿保护老的沙，而皇太子屡屡向孛罗帖木儿索要老的沙，均遭拒绝。
至正二十四年（1364年）三月，在皇太子一党的要求下，顺帝下诏削除孛罗帖木儿官爵，又令王保保讨伐他。
还没等王保保出兵，孛罗帖木儿的大军就兵临大都城下，皇太子逃走，太子党的搠思监、朴不花二人被顺帝交出，孛罗帖木儿处死二人后就撤兵了。
皇太子回到大都后越想越气，乃于同年五月再次命王保保讨伐孛罗帖木儿。
当时王保保和孛罗帖木儿两军已维持一段时间的和平，至此王保保“乃大发兵，诸道夹攻大同” ，又命部将白锁住率军万人拱卫大都。王保保也亲赴冀宁，坐镇指挥。
孛罗帖木儿没有迎战，而是带兵直趋大都，皇太子爱猷识理达腊率白锁住所部接战，被打败后逃往冀宁的王保保营中，孛罗帖木儿遂入京，并被顺帝封为左丞相。
爱猷识理达腊逃到冀宁以后，欲效唐肃宗即位灵武故事而称帝，遭王保保反对而作罢，为他们二人后来的反目埋下种子。
当时王保保兵分三路，“遥制孛罗，而不与之挑战” ，一度形成对峙局面。
而皇太子则在冀宁调集岭北、甘肃、辽阳、陕西等省的兵力，积蓄力量以反攻大都，并在至正二十五年（1365年）三月命王保保讨伐孛罗帖木儿。
孛罗帖木儿派兵抵御，结果也速反水，爱将姚伯颜不花阵亡，顺帝也逐渐厌恶孛罗帖木儿，于至正二十五年（1365年）七月派人刺死他，把他脑袋装进匣子里送入冀宁，同时诛杀了老的沙等孛罗帖木儿同党。
同年九月，王保保护送皇太子自冀宁还京，他也被顺帝封为中书左丞相。
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