对此，《明史·沉一贯传》是这么说的：“进讲高宗谅阴，拱手曰：‘托孤寄命，必忠贞不二心之臣，乃可使百官总已以听。苟非其人，不若躬亲听览之为孝也。’张居正以为刺己，颇憾一贯。”
这一次，张居正怒了。他不仅记下了沉一贯的这次罪过，连同之前科考中的不愉快也一并翻了出来，索性来了个新账旧账一起算。于是乎，沉一贯被从长期闲置了。
万历十年，张居正在首辅任上过世。长期潜伏在张居正身边，被张居正以为是自己左膀右臂却实则心向高拱的次辅张四维于是接任了首辅一职。
自此开始，在张四维为高拱“复仇”和朱翊钧的仇恨下，满朝文武都开始对张居正反攻倒算，基本上是有仇的报仇，有怨的报怨。
一时间，张居正被人骂得体无完肤，形同狗屎，而他的所有改革举措也通通被废止，甚至就连本人的尸体也差点儿被挖出来鞭尸泄愤。
此次，仍在翰林院中熬资历的沉一贯自然是骂得最欢的那个人。由此开始，他立即成为了最旗帜鲜明的倒张派，带头对张居正进行撕咬，甚至是污蔑和构陷。
此举无疑使他赢得了皇帝朱翊钧和首辅张四维的青睐，很快便崭露头角。而伴随着沉一贯的日益崛起，以他为核心的浙党集团也逐渐形成，而且还不断的水涨船高。
所谓浙党，其实是在原历史中明末的文官体系中最早形成的一个党派，或者更准确地讲应该是利益团体和政治派系——这有别于心学派、实学派的性质，因而后两者有更明显的学派性质。
浙党则不同，他们单纯是为了共同的政治追求，或者说是经济利益而形成，内部推举沉一贯作为蒙上箝下的总负责人。
万历十二年，伴随着持续抨击已经无法还嘴的张居正，沉一贯的美好时光开始了。他先是升任詹事府少詹事，同时兼任了翰林院侍读学士，开始有机会为朱翊钧教习学业，也有机会笼络更多人团结在他左右。
在此期间，随着“国本之争”的日益兴起，沉一贯敏锐地发现这将会是一次双方都没有退路的死战。于是，深谙权术和制衡之道的沉一贯以回家省亲为由请假了，之后则长期以病为由，闲居家中不出，避免过早陷入争斗，同时积极养望，积攒名声。
果然，就在沉一贯窝在家中暗中观察之际，大明朝廷上演了最热闹的桥段，申时行、王家屏、王锡爵这些个首辅们前赴后继，一个个都栽在了这件事上。而沉一贯却露出了阴险的笑容——根本抑制不住的那种。
为了替自己提前预热，沉一贯遥控浙党成员在朝中造势，上疏奏请朱翊钧起用自己。万历二十二年，朱翊钧任命沉一贯为南京礼部尚书，继续协理詹事府。但是，沉一贯却以身体患病为由婉言谢绝赴任。
其实，沉一贯对于礼部尚书的职位已经很满意了，只是前面加上“南京”二字就令这个尚书的含金量大打折扣——我说生病那是装病养望，你还真让我在南京养老啊？因此，沉一贯选择继续蛰居，他认为目前的局势下，朝廷必然还会再次起用自己。
事实证明，沉一贯的确是一位老谋深算的狐狸。难怪他能以三甲进士的身份去统领人才济济的浙党，难怪他能“身在局外，心在局中”，原来靠得就是这份老辣、这种对时局的判断力和对大局的掌控力。
次年，也就是万历二十三年，内阁的缺编已经非常严重，只有赵志皋一人在任，既是首辅又是阁臣，于是万历下旨由朝臣们廷议推举入阁的人选。
在浙党成员的卖力吆喝下，沉一贯的呼声甚高，最终与朱赓、沉鲤等人同时入围，获准参预机务出任了东阁大学士。
此时的首辅是赵志皋，这位就不必介绍了，不仅老病，性格还懦弱，几乎所有的言官和御史们都没把他太当回事。《明史·赵志皋传》评价他：志皋为首辅，年七十余，耄矣，柔而懦，为朝士所轻，诟谇四起。
入阁当年，沉一贯就开始为自己立威，以便为日后接替赵志皋做铺垫。他将言官袁可立当成了自己杀鸡儆猴的工具——这是因为袁可立和沉鲤关系匪浅，而沉鲤又与自己矛盾甚大，所以沉一贯借故将袁可立廷杖并革职为民。
这件事是有记载的，《弘光朝伪东宫伪后及党祸纪略》记载中说：祸始于万历间，浙人沉一贯为相，擅权自恣，多置私人于要路。
随着国本之争的持续发酵，排在沉一贯之前的许多阁臣们能逃跑的纷纷逃跑，逃跑不了的也在家养病。
首辅赵志皋递交近百份辞呈皆被朱翊钧拒绝，终于累倒在家不起。期间，沉一贯开始逐渐掌握了内阁的大权，在赵志皋病逝后，他终于成为了大明王朝的第四十二位内阁首辅。而此时，坚持与文官集团搞非暴力不合作的朱翊钧已经彻底神龙见首不见尾，许久不上朝不露面。
成为首辅后，沉一贯总结了之前首辅们的许多成功经验和失败教训，比如张居正、张四维、申时行、王家屏、王锡爵等人，估计都被他回顾了一遍又一遍。
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