但不久后新大名克扣军费，不得已，团藏开始率众接脏活筹钱、扶植地区性垄断产业，日斩默许。
木叶29年，二代风影挑起战争，进攻木叶，为期十年的第二次忍界大战爆发。
一年后木叶渐渐获得优势，但土之国岩隐加入战团，战线慢慢推移到雨之国，已经战败的风之国想再捞一笔，最终在雨之国爆发三方混战。
在与风之国单线交战初期，涡之国太上长老旋涡正彦寿终正寝，涡之国泰山崩塌，雷水两国趁机进攻涡之国，木叶以兵力不足为由不曾援助。
旋涡水户听闻此事，再也没有出过千手族地。
雨之国在过去十年间逐渐做大，首领半藏心忧国事，不愿意雨之国因三大国的战争生灵涂炭，加入混战的战圈。因为木叶没有分兵援助涡之国，主力全在西线，风土两方渐渐难支，退出战局。
木叶留下部分兵力扫尾兼对阵雨之国。
团藏率军前往涡之国，希望在已经亡国的涡之国故地找到一些封印术密卷之类的传承之物，遇到三代水影无名伏击，重伤，瞎了一只眼睛。
身体渐渐不行的团藏与新任暗部的副部长大蛇丸合作，并给他根部的副手大权，希望靠柱间细胞恢复伤势。
十年战争结束后，雨之国新兴势力——晓进入世人的视线。
没几年，第三次忍界大战爆发，木叶再度多线交战。
桔梗山之战，神无毗桥之战先后爆发。
因为波风水门小队的缘故，神无毗桥之战先胜。
团藏诧异，发动早就埋好的两个间谍——药师野乃宇和药师兜，得知原来是岩隐决定倾尽全力打败云隐，神无毗桥之败只是个幌子。
为防泄密，他决定处理掉间谍，由大蛇丸全权负责。
与此同时，得到消息的木叶收束北线，坐观土雷之争。果然，万余岩隐忍者围攻之下，三代雷影力竭身亡，岩隐也大伤元气。
期间，水之国曾发动三尾暴走·木叶崩溃计划，因旗木卡卡西立下旷世奇功斩杀数十上忍和成为三尾人柱力的队友，计划胎死腹中，木叶免去一场灾难。
桔梗山之战也在大蛇丸的领导下胜利。
各大国都现了颓势，大局已定，团藏开始着眼于别处。
他担心半藏与晓强强联合后可能危害木叶的地位，于是率众伪装为晓的成员，暗杀半藏全族，故意留下破绽将线索指向晓。后挑拨离间，以木叶使者的身份告诉半藏木叶对于晓的看法，直接导致初代晓组织的破灭，弥彦身亡，长门暴走。不久后半藏亦意外身亡，团藏也就放心了。
三战结束，猿飞决定退位。
团藏觉得他有希望当火影了。
结果是波风水门因战功卓着，继任为四代火影。
团藏不服，他想当火影，但是他明面的战功不多。没得办法，他只能听调不听宣发发脾气。
而波风水门确实根基浅，暂时只能靠着日斩旧部维持稳定而已。
很快，也就区区一年时间，机会就来了。
波风水门之妻、木叶第二任九尾人柱力旋涡玖辛奈产子之时，九尾居然挣脱封印，爆发第二次九尾之乱，并有神秘人与波风水门交战。
四代火影波风水门使用封印尸鬼封尽，以献祭生命将九尾封印到刚出生的儿子漩涡鸣人体内。夫妻双亡。乱局中，团藏所部一兵未发。
团藏觉得自又要有希望当火影啦！
结果日斩复出。
团藏：...
不过权力还是要抓在手里的，揽权最简单的方法是立威，立威最简单的方法是动刀，挑谁下刀呢？
嗯，宇智波就不错。
宇智波斑直接导致了团藏和日斩亲爹重伤实力下降，间接导致两位长辈身亡，想来日斩也会对他的动作睁一只眼闭一只眼的。何况这次九尾之乱像极了当年宇智波斑控制九尾的情况，木叶有不少人怀疑宇智波了，只是没有说出来而已。
“那就由我来添一把火吧。”团藏想好了法子。
...
先开会。木叶的会议制度早已发生了变化，由火影-族长及各部门要职-上忍班这三级制度变化为火影-火影顾问-部门要职-上忍班的四阶制度，各家族族长有权旁听，例会分为大会小会，族长们仅在两月一次的大会有投票权。
团藏抓住机会，以九尾之乱为由规划木叶建筑布局，将宇智波族地迁移到木叶角落，美其名曰“拱卫”。
暗中散布宇智波控制九尾图谋造反的谣言，使平时就因为严格执法而积怨的民众越发不待见宇智波一族。
宇智波也不是泥人，都很有脾气，真就想政变造反了。这正中团藏下怀。
团藏策反时在根的宇智波鼬，同时夺了宇智波止水的眼睛。
宇智波止水将剩下一只眼托付于鼬。以防激化矛盾，止水投河自杀身亡。
宇智波鼬神奇地同意了团藏的要求，和藏在暗中的宇智波带土灭了全家族，手刃亲生父母，只留下弟弟佐助一命。
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